摘要: 云猫Pardofelis marmorata作为近危猫科Felidae物种，系统发育关系存在争议，且属内物种分化研究不足。本研究整合老挝新样本（PV137945）及NCBI公共数据库中的云猫线粒体基因组数据，通过邻接法、贝叶斯法和最大似然法构建系统发育树，并计算遗传距离、估算分化时间及模拟种群历史动态，从而初步揭示该属演化机制。结果表明：云猫属Pardofelis与金猫属Catopuma互为姐妹群，共同构成猫科金猫谱系，与猎豹属Acinonyx、美洲金猫属Puma、猞猁属Lynx及豹猫属Prionailurus和猫属Felis依次聚类，云豹属Neofelis为最早分化类群。云猫属内不同种群间呈现显著遗传分化，东南亚大陆种群与巽他群岛种群的遗传距离达0.036（猫科种间水平），分化时间为2.37 Ma(95%HPD:1.95～2.80 Ma)，支持二者为独立物种的观点，该分化可能与更新世早期海平面变化及地理隔离相关。种群动态分析表明，云猫有效种群大小大约在0.15 Ma呈现下降趋势，可能与青藏高原隆升引发的气候变化和栖息地退缩相关。本研究为云猫的系统分类修订和保护单元划分提供了分子证据。

摘要: 本研究通过解析南海长足螺(Oxynoe nanhaiensis sp. nov.)线粒体基因组特征并构建系统发育树,旨在确定其分类学地位,以丰富我国囊舌目物种多样性的记录。通过二代基因测序技术获得该物种线粒体全基因组,并对其序列进行了结构分析,分别利用近缘物种的线粒体基因组和cox1基因构建系统发育树,确定其进化地位;利用植物叶绿体基因保守片段序列设计引物,通过PCR技术扩增该物种体内叶绿体基因,分析其是否存在“盗食质体”现象。该物种线粒体基因组全长16189 bp,包含13个蛋白编码基因、22个转运RNA(tRNA); 2个核糖体RNA(rRNA)基因及2个非编码区;碱基组成表现出高A+T、低G+C含量的偏向性;在蛋白质编码基因中共有4种起始密码子(AUG、GUG、UUG、AUA)、3种终止密码子(TAG、TAA和T––);碱基组成存在明显的AT偏向和弱AT负偏斜现象; tRNA二级结构预测中有8个能形成典型的三叶草结构,其余14个三叶草图缺失DHU臂或TΨC臂等关键元件;与序列比对相似度较高、大小相接近的物种以最大似然法(ML)构建线粒体基因组系统发育树,但由于其相近种线粒体基因组信息缺少,结果显示该物种与Ascobulla fragilis聚为一支。选取非囊舌目物种南海小叶海蛞蝓(Phyllidiella nanhaiensis)及囊舌目无壳类物种绒毛海天牛(Elysia tomentosa)作为外群,采用ML法构建cox1进化树,结果显示,该物种与长足螺属(Oxynoe)物种归为一支,其与三个长足螺属物种O. kylie、O. jordani、O. viridis的cox1基因遗传距离分别为5.00、3.93和5.15。结合形态特征与分子鉴定结果表明,该物种为长足螺属新种,将之命名为南海长足螺。与PCR扩增所获该物种体内叶绿体基因片段序列经比对后,发现其与多种藻类相似度都高达94%以上,疑似存在“盗食质体”现象,这与部分囊舌目物种的特征相符。本研究解析了一种长足螺属新物种——南海长足螺的线粒体基因组序列及其结构特征,并通过系统发育分析了南海长足螺的分类地位,结果为囊舌目的物种多样性、系统发育与演化研究提供科学数据。

摘要: 为探讨蚌类在DUI机制下的进化特征,本文通过测序和比较高顶鳞皮蚌F与M型线粒体基因组,并结合系统发育分析和选择压力分析开展研究。结果表明,高顶鳞皮蚌F/M型线粒体全基因组序列全长分别为15768和17008 bp, A+T含量在两型中均约64%,呈AT偏好性;共编码37个基因,包括13个蛋白质编码基因(PCGs), 22个tRNA和2个rRNA,其中26个基因位于轻链、11个基因位于重链; tRNA结构存在缺陷, F/M型trnS缺失tψc环, M型trnY缺失DHU环;相对密码子使用频率(RSCU)分析显示TTT在F型(RSCU=1.55)和M型(RSCU=1.63)中均为使用频率最高的密码子;系统发育树显示F/M型线粒体明确分化为两大单系群;基因选择压力分析提示M型Ka/Ks值高于F型, atp8为潜在的性别分化相关基因。本研究系统揭示了高顶鳞皮蚌F和M型线粒体基因组的结构差异、碱基组成、密码子特征及非编码区布局,支持了蚌类F与M型基因组在系统发育上的并行进化模式,不仅为该物种线粒体基因组的深入比较和应用研究提供基础数据,更有助于深化对DUI现象的理解。

摘要: 为了解尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)线粒体基因组特征及其在鮈亚科(Gobioninae)中的系统发育地位,本研究测定了尖鳍鮈的线粒体全基因组,分析了其线粒体基因组结构特征,并基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列数据,构建了鮈亚科分子系统发育树。结果表明,尖鳍鮈线粒体基因组全长为16608 bp,由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因、1个非编码区及1个OL区组成;碱基组成显示AT偏好性(A+T含量54.90%);其中蛋白编码基因nad6及8个tRNA基因(trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS2、trnE和trnP)位于轻链,其余28个基因均位于重链;在22个tRNA基因中,仅trnS1的二级结构缺失DHU臂,其余tRNA均形成典型三叶草型二级结构,共检测到57个非标准G-U错配。基于13个蛋白编码基因构建系统发育树显示:蛇鮈属(Saurogobio)嵌入在鮈属内部,并与中鮈属(Mesogobio)和刺鮈属(Acanthogobio)形成一个分支。尖鳍鮈(Gobio acutipinnatus)与Gobio occitaniae、犬首鮈(Gobio cynocephalus)、Gobio lozanoi、大头鮈(Gobio macrocephalus)、高体鮈(Gobio soldatovi)、鮈(Gobio gobio)等鮈属物种聚为一支。本研究阐明了尖鳍鮈完整的线粒体基因组的结构特征,明确了其系统发育位置,为理解该物种在鮈属及鮈亚科中的分类关系提供了关键分子证据。