摘要: 为深入了解罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同种质资源的遗传背景,研究采用微卫星标记和线粒体基因相结合,对罗氏沼虾4个育种群体,即选育3代的数丰核心群体(SF)、引进的正大群体(ZD)、正大和数丰杂交的群体(ZDS)、正大子代和数丰杂交的群体(ZD2S)的遗传多样性进行了研究。150个个体的微卫星分析结果显示, 7个微卫星位点均表现出高度多态性(PIC>0.5), 4个群体平均的等位基因数(N_a)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为19.43、0.8980和0.8867。SF群体的平均H_e(0.874)和PIC(0.854)最高,ZD2S的H_e (0.863)和PIC (0.834)其次, ZDS群体的H_e (0.798)和PIC (0.761)最低。4个群体间的遗传分化指数(F_(ST))为0.04166—0.10438,处于中低水平的遗传分化,其中, ZD和ZDS的遗传分化最大, F_(ST)为0.10438。线粒体COⅠ和12S rRNA基因组合序列分析结果显示, 149个个体共识别27个单倍型,平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)分别为0.846和0.00313。在4个群体中, ZD2S群体的H_d值最高,其次为SF群体, ZDS的最低;对于π值,SF群体的最高,其次为ZD2S群体, ZD群体的则最低,该结果与微卫星的结果基本一致。但基于线粒体基因的群体间遗传分化较小, F_(ST)值为–0.02226—0.07310,小于微卫星估计的结果。微卫星和线粒体基因一致表明,SF和ZD2S两个群体均保持着较高的遗传多样性,具有进一步选育的潜力。

摘要: 为了解珠江流域飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)群体间的遗传多样性及其分化程度,利用RAD-Seq技术开发出微卫星位点,并设计了100对微卫星引物,筛选出66个可稳定扩增出目的条带的位点,其中16个具有较高的多态性(PIC>0.5),以2碱基重复居多。利用其中10对多态性位点对珠江流域的郁江(YuJ)、左江(ZJ)、右江(YJ)、融江(RJ)和桂江(GJ)飘鱼群体进行遗传多样性研究,得到有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度范围分别为5.2028—6.3800、0.6773—0.7667和0.7975—0.8425,表明珠江流域5个飘鱼群体具有较高的遗传多样性,以YuJ群体遗传多样性最高, RJ群体遗传多样性为最低。且群体间各个遗传参数相差较小,说明他们的遗传多样性水平相近。AMOVA分析显示,遗传变异主要来自于群体内(98.45%),仅一小部分的变异来自于群体间(1.55%),总群体的遗传分化系数Fst为0.015,两两群体间的Fst在–0.0033—0.0295波动,属于低等程度的分化。群体间基因交流值(Nm)在8.2246—76.0075,表明群体间基因交流频繁,对遗传漂变作用的抵制能力较强。研究筛选出了多态性高的微卫星位点,并利用其对5个飘鱼群体遗传多样性进行评价,旨在有效地监测飘鱼的种质资源状况,为其资源的开发利用和保护提供科学指导。

摘要: 研究基于线粒体DNA细胞色素b (mtDNA Cyt b)基因序列,对2013—2017年间采自我国长江上游贵州省赤水市和重庆市万州区共161尾岩原鲤(Procypris rabaudi)个体进行了遗传多样性分析。结果表明,在所有个体序列中, A、T、C、G碱基的平均含量分别为30.2%、27.9%、28.2%和13.7%,(A+T)含量(58.1%)明显大于(G+C)含量(41.9%),表现出较强的反G偏倚性。161条序列检测到18个变异位点,定义了15种单倍型,整体单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.590、0.00132;岩原鲤赤水群体遗传多样性水平低于万州群体;万州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均呈现逐年降低的趋势,但是赤水群体的单倍型多样性和核苷酸多样性呈现逐年增加的趋势。基于最大似然法构建的系统发育树和单倍型网络图结果一致,万州和赤水群体并未形成明显的地理分布格局。Mega 6.0软件计算2个群体之间的遗传距离为0.001。Fst值统计表明, 2个地理群体间Fst值为0.01749 (P>0.05),群体间没有出现遗传分化现象。两群体间基因交流频繁,基因流Nm=24.71。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance, AMOVA)显示:98.25%的遗传变异是由群体内产生的。中性检验结果表明万州岩原鲤群体历史上曾发生过种群扩张事件,时间约为0.15百万年前。岩原鲤群体整体上遗传多样性偏低,急需提出合理的管理措施,以加强长江流域岩原鲤物种的资源保护。

摘要: 研究将曹娥江作为东部沿海中小型河流代表,基于线粒体细胞色素b基因(Cyt b)分子标记对其鱼类的整体遗传多样性水平进行了评估。结果表明, 21个种26个群体鱼类Cyt b基因的单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)水平分别为0.074—0.987和0.00019—0.00520,物种间遗传多样性水平差异较大;比较不同江段鱼类遗传多样性水平发现,曹娥江鱼类的单倍型多样性指数水平从河口到中下游再到上游逐渐降低(P<0.05)。比较同一物种的遗传多样性水平发现,曹娥江鱼类的核苷酸多样性指数水平低于长江、珠江等大型河流鱼类的相应指数水平(P<0.05),提示曹娥江鱼类的整体遗传多样性处于中等偏下水平,鱼类资源亟需科学的保护和修复。进一步分析人为扰动因素对曹娥江鱼类遗传多样性水平的影响发现,敏感型鱼类的单倍型多样性指数水平显著低于中等耐受型鱼类(P<0.05);麦穗鱼(Pseudorasbora parva)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)和刺鳅(Mastacembelus aculeatus)3种鱼类的上游镜岭群体单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数水平均低于其中游仙岩群体的相应指数水平。结果提示,水体污染、过度捕捞可能是造成目前曹娥江鱼类遗传多样性水平较低的主要原因。研究结果将为曹娥江乃至东部中小河流的鱼类资源的管理、保护和开发利用提供重要的理论依据。

摘要: 马鹿阿拉善亚种(Cervus elaphus alashanicus)又称阿拉善马鹿,目前仅分布于贺兰山地区,是我国马鹿亚种分布范围最狭窄的一个隔离种群。为了解阿拉善马鹿的种群遗传多样性及遗传变异情况,以对该种群的保护提供科学参考,对在贺兰山采集的93个野生个体新鲜粪便样本的线粒体控制区部分序列(991 bp)进行扩增和分析,共检测到68个变异位点,定义16种单倍型,平均单倍型多样性为0.405,平均核苷酸多样性为0.002 32,说明种群遗传多样性水平较低。中性检验和错配分布分析表明阿拉善马鹿曾出现过种群扩张,贝叶斯天际线分析(BSP)显示扩张时间约在末次冰盛期(0.028—0.010 Ma)。F_(ST)检验表明阿拉善马鹿种群内存在显著遗传分化,系统发育树和单倍型网络图分析表明群体间没有明显的系统地理格局。本研究表明阿拉善马鹿目前种群遗传多样性较低,建议加大对该亚种的关注和保护力度。