摘要: 多年冻土退化会引起热融滑塌,进而对多年冻土区的生态系统产生影响,但热融滑塌对土壤细菌群落的影响还不清楚.研究区选择青藏高原中部的荒漠草原地区.利用Illumina测序技术,对土壤细菌的16S rRNA V3-V4高变区进行测序,在纲水平上分析了3种微地貌(对照区、滑塌区、沉降区)下表层0-30 cm土壤细菌的α多样性、物种丰度和组成,并结合土壤理化指标研究了影响细菌群落结构的环境因子.结果显示,土壤细菌在纲水平上共有91个细菌类群,放线菌纲(29.4%,Actinobacteria)、酸杆菌纲(14.16%,Acidobacteria)、α-变形菌纲(12.69%,Alphaproteobacteria)和芽单胞菌纲(6.92%,Gemmatimonadetes)是优势菌群,放线菌纲在各采样点相对丰度最高.热融滑塌改变了土壤含水量、全碳和有机碳等理化指标. Mantel测试和RDA分析表明,土壤全碳和含水量是影响细菌群落结构的关键环境因子;相关性分析表明,土壤含水量、电导率、全氮是影响细菌群落多样性和优势菌纲相对丰度的关键环境因子.本研究表明在荒漠草原地区,热融滑塌会降低土壤碳含量和酸杆菌纲的相对丰度,并对土壤细菌群落的结构、多样性及在冻土中的分布产生影响.(图6表2参36)

摘要: 微生物是生物膜法处理技术的核心,微生物多样性的研究对于生物膜法去除污染物的机理探讨具有重要意义.采用特异性流化床生物膜反应器(Special Moving-Bed Biofilm Reactor,SMBBR)处理城市生活用水,并利用IlluminaHiSeq高通量测序技术对各反应器的微生物分布以及菌群与环境因子的相关性进行研究.结果显示,在水温20-30℃、上清液回流比为150%、DO为4 mg/L、水力停留时间为18 h的条件下,SMBBR对氨氮的去除率高达96.7%;SMBBR的好氧反应器和厌氧反应器的生物膜微生物种群结构组成存在不同,但优势微生物种群均为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).在属的水平检测到好氧反硝化菌红细菌(Rhodobacter)、陶厄氏菌属(Thauera),以及氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteria,AOB)亚硝化单胞菌(Nitrosomonadales)等.另外,DO是影响微生物群落结构最显著的环境因子.本研究表明环境因子会影响微生物群落替演,好氧反硝化以及氨氧化反应可能是SMBBR工艺中重要的脱氮机制.

摘要: 抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)目前已经被认为是一种重要的环境污染物;土壤中存在的微生物代表了ARGs的古老进化起源之一,并且已被认为是临床病原体获得ARGs的重要交换介质.为测试医疗废物堆置区域的ARGs丰度,在医废堆置区内外采集了共28个土壤样品.在提取样品中的微生物宏基因组之后,对所提取的DNA进行高通量测序.将所得序列与抗生素抗性基因数据库进行比对,并通过计算不同类型以及不同亚型的ARGs拷贝数/16S rRNA基因拷贝数评估ARGs的组成.结果显示,医废堆置区内样本所含的氨基糖苷类、氯霉素类、磺胺类、四环素类ARGs丰度显著高于堆置区外样本(分别达到了0.0134±0.0138、0.00615±0.00747、0.0188±0.0254以及0.00504±0.00292 ARGs拷贝数/16S rRNA基因拷贝数),特别是sul1(磺胺类)、flo R(氯霉素类)、cat B(氯霉素类)、aph(3’’)-I(氨基糖苷类)和tet G(四环素类)这5类ARGs亚型;同时,医废堆置区内样本有着更高的ARGs多样性(t-test,P <0.05).本研究表明医疗废物堆置会显著提高区域内土壤中ARGs的丰度以及多样性,从而增加潜在环境风险.(图7表4参34)

摘要: 为了研究中国东南沿海地区蝙蝠作为媒介和宿主携带重要人兽共患病毒的种类及分布情况,分析蝙蝠传播病毒的可能性,从东南沿海地区多个采样点采集了一定数量的成年蝙蝠样本,取部分肠道组织样本进行处理后,用高通量测序和生物信息学对其携带病毒的核酸序列进行了提取和分析。结果显示,蝙蝠携带多种昆虫病毒、植物病毒和脊椎动物病毒,其中细小病毒读长占比最多,15 012个病毒读长中有12 894个是细小病毒序列。针对高通量测序结果,对蝙蝠携带的细小病毒进行了鉴定与分析,并获取了大部分编码区基因,同源比对发现与BtRf-PV病毒株和SX2013株同源性最高,为91%。在采集的268只蝙蝠中,检测到16只携带细小病毒,阳性率为5.9%。

摘要: 选取中国科学院昆明灵长类研究中心的4只成年健康滇金丝猴和1只成年亚健康滇金丝猴,基于高通量测序技术分析其肠道细菌群落的组成和多样性,探讨健康状况对成年滇金丝猴肠道微生物的影响,揭示其肠道微生态特征。结果表明:在门水平上,健康滇金丝猴的主要菌群有厚壁菌门(Firmicutes,78. 41%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18. 97%);在属水平上,主要菌群有瘤胃球菌属(Ruminococcus,6. 29%)、未分类的毛螺菌科(unidentified Lachnospiraceae,4. 20%)成员、普氏菌属(Prevotella,3. 24%)。亚健康滇金丝猴肠道菌群中螺旋体门(Spirochaetes,6. 09%)和变形菌门(Proteobacteria,3. 09%)的含量显著高于健康滇金丝猴(Spirochaetes 0. 14%; Proteobacteria 1. 32%)的含量。