摘要: 在我国黄海、东海和南海海岸带上,选取青岛、南通、舟山、三门、宁德、泉州和湛江共7个群体164尾龙头鱼(Harpadon nehereus)为研究对象,通过PCR扩增共获得长度为1112 bp的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因序列,共检测到32个变异位点,其中单变异位点27个,简约信息位点1个。164条序列定义了29个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.3026±0.0479和0.000371±0.000379,其中泉州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均最低。分析比较了不同龙头鱼群体间遗传变异情况,发现群体间平均遗传距离为0.00035,遗传分化指数F_(ST)值均小于0.05,群体间没有发生明显的遗传分化。AMOVA分析结果显示龙头鱼群体遗传差异主要来源于群体内个体间的变异。中性检验的Tajima’s D和Fu’s Fs统计值均为负值且显著偏离中性,核苷酸不配对分布图呈现明显的单峰分布,表明龙头鱼历史上经历了群体扩张事件,参考已知海洋鱼类Cyt b基因2%每百万年的进化速率,估算群体扩张发生的时间大约在0.08—0.32百万年前的第四纪更新世中晚期。

摘要: 研究利用自主开发的12个微卫星标记,对来自于长江水系4个野生群体(湖北石首、湖南湘江、江苏邗江、浙江嘉兴)和1个养殖群体(江苏吴江)青鱼(Mylopharyngodon piceus)进行遗传多样性和遗传结构分析。遗传多样性分析结果显示这12个位点多态信息含量(PIC)介于0.660—0.923,表明这12个位点均具有高度多态性(PIC>0.5)。5个群体的平均等位基因数(N_a)介于7.917—11.667,平均有效等位基因数(N_e)介于4.837—6.035;平均观测杂合度介于0.713—0.861;平均期望杂合度介于0.749—0.819;平均多态信息含量介于0.711—0.788,表明这5个群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离分析结果表明4个野生群体之间遗传距离较近,养殖群体与这4个野生群体遗传距离均较远。UPGMA系统进化树显示,湘江群体和石首群体首先聚为一支,然后与邗江群体和嘉兴群体聚为一支,最后与吴江养殖群体聚为一支。这12个微卫星位点具有较为丰富的遗传多样性特征,可以用于青鱼不同群体的种质资源的评估和遗传多样性的分析。

摘要: 研究采用线粒体DNA Cyt b和D-loop基因分析西辽河、松花江和穆棱河3条水系董氏须鳅(Barbatula toni)的遗传多样性和种群结构,并探讨其种群演变历史。结果表明:3条水系119个董氏须鳅样本共检测出57个单倍型,各群体间不存在共享单倍型; 3个董氏须鳅地理群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.805—0.926)和较低的核苷酸多样性(0.00095—0.00458); AMOVA分子方差分析、群体间分化指数(F_(ST))、系统发育树及单倍型网络图均表明3个地理种群已经出现高度分化,群体间遗传变异占总变异的79.45%,遗传分化显著(P<0.01)。中性检验和错配分析表明,松花江和穆棱河群体历史上发生了群体快速扩张。参考鳅科鱼类Cyt b基因0.68—0.84%/Ma的进化速率,估算3个地理群体的分歧时间为1.082—0.669 Ma前,松花江和穆棱河群体扩张时间为0.071—0.047 Ma前,推测我国董氏须鳅在中更新世期随冰期迁移至不同避难所,形成各地理群体,并于晚更新世早期经历了群体扩张事件。

摘要: 以线粒体Cyt b基因为分子标记,对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示, 167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型,呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)。基于单倍型构建的分子系统发育树及Network网络关系图表明,所有来自墨脱江段及察隅河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起。不同地理种群间的遗传分化指数(F_(ST))为–0.014—0.771,其中金珠藏布(JZZB)与其他种群呈现出高度分化(F_(ST):0.372—0.771)。分子方差分析(AMOVA)显示当JZZB种群为一组,剩余6个种群为一组时,组间遗传差异最大,表明JZZB种群与其他种群具有显著分化。相反,虽然察隅河与墨脱江段的地理距离较远,但是察隅河与墨脱江段其他种群之间(除了JZZB)的F_(ST)为0.093—0.169,仅显示中等分化水平,表明察隅河种群与雅鲁藏布江种群尚有少量的基因交流。中性检验、错配分析及BSP (Bayesian skyline plot)分析显示,雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼种群在末次间冰期(0—0.137 Ma)发生过种群扩张现象。

摘要: 为了解南海栉江珧(Atrina pectinata)的群体遗传变异特征,研究利用线粒体DNA COⅠ(细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ)基因部分序列对7个群体共191个栉江珧个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:在600 bp长的序列中,共检测到113个核苷酸变异位点,定义了73个单倍型。南海北部栉江珧总体呈现较高的单倍型多样性(0.8996)和较高的核苷酸多样性(0.0257),但L1组内6个群体(汕头、阳江、湛江、海口、琼海、北海)呈现较高的单倍型多样性(0.8133—0.9286)和较低的核苷酸多样性(0.0033—0.0045)。单倍型系统发育树和网络支系图将7个群体划分为L1和L2(防城港群体)两大类群,但L1组单倍型并未表现出与地理位置相对应的谱系结构。F_(st)分析显示, L1组内6个群体间不存在明显的遗传分化(F_(st)=–0.0200—–0.0055, P>0.05),但L1组与L2组间存在极显著的遗传分化(F_(st)=0.8729—0.8821, P<0.01)。L1组的Tajima’s D检验(D=–2.3190, P=0)和Fu’s F_s检验(F_s=–26.8316, P=0)均为显著负值,核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布; L2组的Tajima’s D检验(D=–1.4320, P=0.0565)为不显著负值, Fu’s F_s检验(F_s=4.9540, P=0.9620)为不显著正值。以上数据说明, L1组和L2组栉江珧可能已经分化为两个群体, L1组内6个群体具有频繁的基因交流,导致了较高的遗传同质性。