摘要: Toll样受体(TLRs)是一类识别病原体中高度保守的病原相关分子模式(PAMPs)的蛋白家族,在启动先天性免疫中具有重要作用。人类toll样受体4基因(toll4)的点突变与许多疾病有关,如呼吸道合胞病毒感染、动脉粥样硬化、疟疾等,并且这种点突变往往具有种族分布特异性。鳄蜥(Shinisaurus crocodilurus)是一种古老的爬行动物,属于国家Ⅰ级保护野生动物,由于其遭受非法捕杀、栖息地破坏等人为干扰,目前数量极其稀少。近年来,鳄蜥因疾病造成大量的死亡,且这种疾病的分布具有种群差异性,不同种群往往疾病症状也不同,可能是因不同的病原体感染引起的。我们设想toll4基因的点突变在鳄蜥种群之间可能具有分布的差异性,以适应不同的当地病原体。因此,本文利用PCR产物直接测序和生物信息学分析法初步探索鳄蜥toll4基因的遗传多样性以及单核苷酸多态性(SNPs)的分布特点,验证该基因的点突变是否具有种群特异性分布特点,以及预测其氨基酸替换是否对蛋白质结构和功能产生影响。结果获得的扩增片段长为1 694 bp,在5个种群52条序列中(登录号MN380726MN380777),共发现27个突变位点,导致9个氨基酸替换,其中3个氨基酸替换被预测为影响蛋白质的结构和功能。27个点突变中有12个只分布在单个种群,4个分布无种群特异性,即每个种群中均有野生型和突变型,其余11个点突变的突变型分布在2或3个种群不等。研究表明,鳄蜥toll4基因遗传多态性在各种群间不一致,且点突变具有种群特异性分布特征,反映不同地理种群遭受不同的病原压力。

摘要: 采用线粒体DNA(mtDNA)Cyt b基因和D-loop控制区为分子标记,对分布于西藏雅鲁藏布江大峡谷以上里龙段和以下墨脱段2个群体的黄斑褶鮡(Pseudecheneis sulcata)共60个样本进行遗传多样性研究。获得联合基因有效序列长度为1 893 bp,包括Cyt b基因1 060 bp和D-loop控制区833 bp。结果显示,里龙和墨脱2个群体的单倍型多样性值(H_d)均较高(0.701和0.761),核苷酸多样性值(π)均较低(0.001 00和0.001 09);高频率的单倍型Hap1和Hap2为2个群体所共享,推测为祖先单倍型;同时,里龙和墨脱群体分别存在5个和6个特有单倍型,且在2个群体中不共享;分子方差分析(AMOVA)显示遗传变异主要来源于种群内部,群体间呈中度遗传分化水平(F_(st)=0.090 44,P <0.05);中性检验(Tajima's D、Fu'sF_s)和核苷酸不配对(SSD、H_(ir))分析结果揭示,黄斑褶鮡种群曾经历过种群扩张现象。本研究推测,黄斑褶鮡2个群体间的基因流动存在障碍,雅鲁藏布大峡谷的海拔落差及水文情势等生态屏障可能是阻碍黄斑褶鮡迁徙和交流的主要原因。

摘要: 【目的】枣食芽象甲Scythropus yasumatsui是我国北方枣树Zizyphus jujuba上的一种重要的灾害性害虫,在陕西、山西、河北、河南等枣树主产区普遍发生。本研究旨在揭示我国枣食芽象甲不同种群间的遗传分化和基因交流规律。【方法】利用枣食芽象甲转录组测序的SSR序列,使用荧光标记PCR及毛细管电泳分型方法,筛选出8个微卫星位点,对我国5个省份(山西、陕西、宁夏、河北和河南)10个地理种群共308头枣食芽象甲样本进行种群遗传多样性分析。【结果】8个SSR位点均存在无效等位基因且偏离哈迪-温伯格平衡。各位点的有效等位基因数(Ne)为2.1138.016,多态信息含量(PIC)为0.5610.908,期望杂合度(He)为0.4760.865;种群间遗传分化系数(Fst)平均值为0.151;基因流(Nm)平均值为1.594。枣食芽象甲种群间遗传分化系数与地理距离之间显著正相关(r=0.596,P=0.0035),基于Nei’s遗传距离和Cavalli-Sforza&Edwards余弦遗传距离的系统进化树将10个地理种群均聚为3个相同的分支。【结论】结果说明,枣食芽象甲种群遗传多样性较高,不同地理种群间存在高度的遗传分化,且有一定的基因交流;地理隔离是影响枣食芽象甲地理种群遗传分化和基因交流的重要因素。

摘要: 本研究利用16对荧光标记微卫星引物分析国家蜜蜂基因库(吉林)保种群体东北黑蜂的小群保种效果,为进一步保护和利用东北黑蜂遗传资源提供理论依据。分别选取国家蜜蜂基因库(吉林)保种群体和国家级东北黑蜂保护区(原产地)群体东北黑蜂各30头,利用测定优势等位基因频率(Pi)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和群体内近交系数(F_(is))比较基因库保种群体与原产地群体的遗传差异。两群体间东北黑蜂的Pi、He、PIC和F_(is)均没有显著差异(P>0.05)。国家蜜蜂基因库(吉林)对东北黑蜂群体保种效果良好,异地小群保种的方法对东北黑蜂具有潜在可行性。

摘要: 采用高通量测序法对西昌华吸鳅(Sinogastromyzon sichangensis)基因组进行随机测序并筛选出符合条件的微卫星位点,设计可用于PCR扩增的引物,筛选出29对具有多态性的引物,平均等位基因数为14.5,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别为0.620和0.882,多态信息含量(PIC)为0.859。选取其中多态性较高的20对引物在赤水河及其支流的4个地理种群中进行扩增,分析不同地理种群的遗传多样性和种群分化情况。结果表明,赤水镇种群观测杂合度最高(0.669),茅台镇种群观测杂合度最低(0.520);习水河多态信息含量最高(0.868),茅台镇种群多态信息含量最低(0.841)。赤水河干流的几个种群未出现显著分化,而习水河种群与其他3个种群的遗传分化程度较高。AMOVA分析显示遗传变异主要发生在群体内,群体间遗传变异仅占3.33%,群体内遗传变异占96.67%。种群遗传结构分析表明,赤水河干流整体遗传背景趋于一致,而习水河种群则单独聚为一个亚类群。研究为西昌华吸鳅的资源保护和种群遗传学研究提供了基础资料。