摘要: 利用微卫星标记对泥蚶(Tegillarca granosa Linnaeus)G2代家系的遗传结构和遗传多样性进行了分析,并结合家系的表型生长数据,关联分析筛选可用于育种的候选标记。遗传结构分析表明,18对引物共检测出59个等位基因,其中家系F19、F21、F22的平均等位基因数(Na)分别是2.500、2.722和2.722;平均观测杂合度(Ho)为0.446、0.510和0.628;平均期望杂合度(He)为0.394、0.433和0.464;多态信息含量(PIC)分别是0.346、0.379和0.403。标记与生长性状的相关性分析显示,有3个位点与壳高、壳长、壳宽和总质量显著相关,其中F19家系的Teg-30的BB基因型与壳高、总质量显著相关,F21家系的Teg-03的BB基因型和Teg-20的BC基因型与壳高、壳长、壳宽和总质量均显著相关,筛选出的与生长性状相关的标记为开展泥蚶分子标记辅助育种提供了有价值的遗传信息和参考依据。

摘要: 研究同时利用非编码区和编码区微卫星标记(G-SSR和EST-SSR)分析黑龙江、长江、奉化江及淮河水系共6个野生鲫(Carassius auratus)群体的遗传多样性及遗传结构,并比较2类不同来源SSR用于鲫群体遗传多样性分析的差异。8个G-SSR标记在6个鲫群体中检测到173个等位基因,平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为22、12.9、0.769、0.893和0.879,群体间Fst值介于0.008—0.085,其中来自黑龙江水系的2个群体与其余水系的所有群体均达到或接近于中等程度的遗传分化,而长江、奉化江和淮河水系4个群体间的遗传分化程度不明显。Nei’s遗传距离介于0.203—0.701;根据遗传距离所绘制的UPGMA聚类图将6个鲫群体划分为2个大分支,其中来自黑龙江水系的2个群体聚为一枝,其余水系群体聚为另一枝。贝叶斯分析也支持这一结果,将6个鲫群体划分为2个最佳理论群。利用8个EST-SSR标记在6个鲫群体中共检测到155个等位基因,平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为19、9.5、0.728、0.870和0.855;群体间Fst值和Nei’s遗传距离分别介于0.005—0.084和0.117—0.683;基于EST-SSR标记的UPGMA聚类分析和贝叶斯分析也将6个鲫群体划为两大类群:黑龙江水系群体;长江、奉化江和淮河水系群体。G-SSR和EST-SSR标记检测6个鲫群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.786—0.864和0.761—0.833。研究结果显示:6个野生鲫群体均具有较高的遗传多样性,但黑龙江水系群体多样性低于其他水系群体;尽管EST-SSR标记的多态性略小于G-SSR标记,但是2类微卫星标记均揭示了相似的鲫群体遗传结构和分化格局。研究结果对鲫种质资源的保护和EST-SSR标记在鱼类群体遗传学研究价值的评价提供了新的信息。

摘要: 研究应用SLAF-seq技术开发了短须裂腹鱼(Schizothoraxwangchiachii)的SNP标记,并使用开发的SNP标记分析了野生种群的遗传多样性。结果显示实验中RsaⅠ-HaeⅢ的酶切效率为86.93%,共得到80.08 M reads。通过生物信息学分析,共获得709758个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有243304个,共得到777082个群体SNP,测序平均Q30为94.79%,平均GC含量为40.16%,测得观测等位基因数为2.005,期望等位基因数为1.5272,观测杂合度为0.2007,期望杂合度为0.3160,平均遗传距离为0.1523,遗传多样性指数为0.3386,香浓指数为0.4827,多态性信息含量(PIC)为0.2562,次要基因型频率(MAF)为0.2313,结果表明目前金沙江阿海至龙开口段短须裂腹鱼野生种群遗传多样性处于中等水平,这和人为干扰有关。近年来短须裂腹鱼数量逐年减少,研究短须裂腹鱼的遗传多样性对保护其种质资源起着重要的作用。

摘要: 在赤水河的水潦、茅台、二合、太平、赤水市5个样点共采集了168尾半Hemiculterella sauvagei,通过线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因序列分析了半种群遗传多样性和种群历史动态。获得序列长度为1137 bp,其中包含42个变异位点,13个单突变位点,29个简约信息位点。168条序列共检测到38种单倍型,单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.895±0.012和0.00487±0.00695。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA)显示:遗传变异主要来源于种群内部(80.95%)。F_(st)值统计表明,赤水市种群与茅台、二合、水潦种群之间存在高度分化,与太平镇种群之间存在中度分化,其他种群之间无显著差异,这表明分布在赤水市和其他4个地理种群的半应作为不同的管理单元(MU)进行保护。Mega 6.0软件计算5个种群之间的平均净遗传距离范围为0.004—0.006。中性检验结果为水潦、太平和赤水市的F_s值为负值,表明这3个地理种群的半曾发生过种群扩张。采用1%per Myr的突变速率推算出半水潦种群扩张时间大约在0.43百万年前,太平镇种群大约在0.40百万年前,赤水市种群大约在0.37百万年前。

摘要: 本研究利用11个微卫星标记对采自青海省东部地区的13个喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)种群149个个体进行基因分型,并运用种群遗传学方法对其遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示,11个微卫星标记位点共计检测到97个等位基因,各种群的平均观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.58～0.82和0.60～0.79,种群遗传多样性水平相对较高;遗传结构分析表明,青海省东部地区的喜马拉雅旱獭种群具有显著的遗传结构,13个地理种群形成了3个遗传聚类群,且3个遗传聚类群与湟水河和黄河上游干流所划分的地理单元完全一致,因此我们认为湟水河和黄河上游干流是阻碍该地区喜马拉雅旱獭种群进行迁移扩散和基因交流的天然屏障。同时,STRUCTURE分析结果还显示3个遗传聚类群间仍有明显的基因流,AMOVA分析也显示3个聚类群间变异百分比为6.60%,仅略高于聚类群内种群间的变异(4.51%),而远低于种群内变异水平(88.90%),表明3个聚类群间的分化程度并不是很深。这说明喜马拉雅旱獭可能通过桥梁或在枯水期等穿越河流进行基因交流。以上结果为该地区的旱獭种群监控和鼠疫防控提供科学的理论基础。