摘要: 研究测定了长江上游4个齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)野生群体(重庆巫溪、重庆城口、四川雅安、四川阿坝)共104个个体的线粒体Cyt b基因部分序列,以探讨齐口裂腹鱼野生群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明:在104个个体Cyt b序列中共检测到43个多态性位点,25个单倍型。4个齐口裂腹鱼群体的单倍型多样性介于0.704—0.884,核苷酸多样性介于0.007—0.012。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.008—0.017,其中四川雅安群体与四川阿坝群体间遗传距离最近,基因交流频繁。重庆城口群体与四川雅安群体间遗传距离最远,基因交流受阻。AMOVA分析表明,齐口裂腹鱼的遗传分化主要来自群体内部,且组群间、组群内群体间和群体内存在显著的遗传分化。中性检验得到Tajima’s D和Fu’s Fs的值不显著,且歧点分布图呈多峰,表明长江上游4个齐口裂腹鱼野生群体未经历过种群扩张。研究旨为齐口裂腹鱼野生资源保护提供必要参考意见,同时为齐口裂腹鱼种质资源合理开发和利用提供理论依据。

摘要: 研究以线粒体Cyt b基因为分子标记,对赤水河两种荷马条鳅属(Homatula)鱼类(红尾荷马条鳅和短体荷马条鳅)的遗传多样性及种群结构进行了分析;同时,结合了对在长江上游其他几个水系分布的同种鱼类进行比较,分析其生物地理学过程。遗传多样性分析结果表明,5个水系135尾红尾荷马条鳅Cyt b基因序列共检测出42个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.936和0.00493;其中,赤水河种群的分别为0.891和0.00208。3个水系52尾短体荷马条鳅Cyt b基因序列共检测出12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别0.821和0.01105;赤水河种群的分别为0.646和0.00390。基于ML和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果表明,两物种各自构成单系,且得到较强支持。红尾荷马条鳅各种群地理格局分布明显,赤水河种群为并系类群位于分支基部。在短体荷马条鳅支系中,岷江与沱江两个水系的个体相互聚类在一起,而赤水河群体聚成一个分支。赤水河与其他水系不存在共享单倍型,表现了明显的隔离和差异性的地理分布格局。由于这些水系之间地理位置相距较远,推测这种格局的形成不是地质运动造成的水系隔离,而是历史时期水位的高低变化造成鱼类种群的扩散和隔离。错配分析支持赤水河两物种种群扩张的推断,但中性检验却并非全部支持,显示种群历史相对复杂。

摘要: 实验采用微卫星标记技术,选用22对微卫星引物对5个红罗非鱼群体进行遗传多样性分析。经PCR扩增,16个微卫星位点扩增产物在关岛红罗非鱼(GD)、珍珠白红罗非鱼(ZZ)、佛罗里达红罗非鱼(FL)、明月红罗非鱼(MY)、马来西亚红罗非鱼(ML)中均获得了清晰稳定的条带。分析结果显示:16个微卫星标记共检测到146个等位基因。5个群体的平均等位基因数(Na)在6.5625—8.5625,平均有效等位基因数(N_e)在4.1495—6.1330,平均杂合度(H_e)在0.7491—0.8247,平均多态信息含量(PIC)在0.6939—0.7840,说明它们的遗传多态性丰富。卡方检验表明5个红罗非鱼群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡。在5个群体中,关岛红罗非鱼(GD)与珍珠白红罗非鱼(ZZ)遗传相似系数(0.6171)最小,遗传距离(0.4827)最大,说明两者亲缘关系最远;佛罗里达红罗非鱼(FL)与马来西亚红罗非鱼(ML)遗传相似系数(0.9069)最大,遗传距离(0.0977)最小,可推断两者亲缘关系最近。采用UPGMA进行聚类分析,结果表明:佛罗里达与马来西亚先聚成一支,二者再与珍珠白聚在一起,接着三者与明月聚在一起,最后,四者与关岛聚到一起。聚类结果说明关岛群体与其他4个群体亲缘关系最远;佛罗里达与马来西亚亲缘关系最近,珍珠白群体次之,明月群体再次之。以上结果可推断5个红罗非鱼群体遗传多态性丰富,具有较大的选育潜力。

摘要: 本文采用非损伤性取样法获得普洱地区亚洲象粪便样品113份,试剂盒法提取粪便基因组总DNA,利用9对微卫星引物对DNA进行特异性扩增,CERVUS 3.0软件基因分型得到49个独特的基因型。利用GenAlEx v6.5与Arlequin v3.5进行位点遗传信息检测和种群遗传多样性分析,结果表明:研究采用的所有微卫星位点均未偏离哈迪温伯格平衡,位点的平均等位基因数为3.111,平均香农信息指数为0.804,平均期望杂合度为0.468,平均观测杂合度为0.476。比较相同位点上不同地区亚洲象的遗传杂合度,表明普洱地区亚洲象的种群遗传多样性较低。

摘要: 为研究山桐子遗传多样性,对山桐子转录组数据进行分析,开发SSR分子标记技术.将山桐子高通量转录组测序获得的84 213条Unigene进行简单重复序列(SSR)位点挖掘和分析,并结合引物验证,初步证明其可行性.通过软件分析,共获得含SSR位点的序列数23 077,出现频率为27.40%,涉及序列数量为29 953条,发生频率为35%.SSR序列中包括1 620种重复基元类型,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为9 782(32.67%)、6 921(23.11%)和5 420(18.10%).单核苷酸中A/T类型比例最高,为9 630(32.15%),二核苷酸和三核苷酸中以类型AG/CT(4 679;15.62%)和AAG/CCT(1 220;1.53%)为主.SSR位点重复次数差别较大,主要是3次(4 748;15.70%),其次为6次(3 707;12.25%)和5次(3 475;11.60%).运用多态性分析的方式初步验证SSR位点在不同地区山桐子标记中的可行性.同时,利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,31对引物可以扩增出条带,19对引物扩增出预期大小的条带,8对引物能特异性区分宜宾、资阳、宁强、成都4个不同地区的山桐子.本研究通过分析山桐子高通量转录组序列的SSR信息,筛选出8对引物验证不同地区山桐子的遗传多样性,将有助于山桐子基因挖掘、分子标记育种和资源保护等后续工作的开展.