摘要: 逗亚科似逗属鱼类的物种界定保持争议,系统发育关系尚待解决。研究取样似逗属鱼类所有种,使用核基因多位点序列重建似逗属鱼类的系统发育关系,运用分子的物种界定方法并结合形态特征分析厘定我国似逗属鱼类的分类。贝叶斯系统发育树结果表明:桂林似逗与平江似逗是单系种;似逗与扁嘴似逗是多系种,前者包括五个谱系A至E,后者包括两个谱系A与B。POFAD距离分析和Structurama分析的结果表明似逗和扁嘴似逗的每个谱系是独立遗传种群,BP&P分析结果强烈支持它们是不同种。*Beast物种树结果揭示:扁嘴似逗谱系B位于似逗属鱼类的基部位置;似逗谱系A与B是姊妹群关系,似逗谱系C是扁嘴似逗谱系A的姊妹群,它们一起与桂林似逗形成姊妹群关系;似逗谱系D与E是姊妹群关系,它们一起是平江似逗的姊妹群。结合形态证据,对我国似逗属鱼类分类厘定如下:限定严格意义似逗包括似逗谱系A+B;恢复长吻似逗(Pseudogobio longirostris Mori,1934)给予似逗谱系C分类名;似逗谱系D与E是隐存种,桂林似逗与平江似逗是有效种。

摘要: 研究采用高通量第二代测序技术,构建获得兰州鲇(Silurus lanzhouensis)线粒体基因组全序列,并对全序列特征和结构进行了分析。研究结果表明,兰州鲇线粒体基因组全序列长度为16523 bp,碱基组成具有高A+T低G+C含量的偏向性,具有脊椎动物典型的结构组成。13个PCG基因中存在2种启动子(ATG、GTG)、3种终止子(TAG、TAA和T或TA)。除t RNA-Ser~(AGN)基因二级结构中DHU臂缺失,其余21个t RNA基因可折叠成典型三叶草结构。12S rRNA二级结构由45个茎环结构组成4个结构域,16S rRNA由54个茎环结构组成6个结构域。含有关键序列标签的控制区(CR)可分为3个不同的结构域:终止序列区(TAS1、TAS2)、中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和保守序列区(CSB1、CSB2和CSB3)。非编码区含有一段保守的控制轻链复制起始的序列区(O_L)。基于线粒体基因组全序列和通用标签COX1基因标记可区分兰州鲇同其他鲇形目鱼类种质进化关系。

摘要: 以线粒体细胞色素b基因序列(Cyt b)为分子标记,结合系统发育分析(最大似然法和贝叶斯法)和遗传距离统计(JC遗传距离模型)等方法,分析青藏高原东部地区田鼠类动物的物种组成和地理分布特征。从16个样点共采集到189个田鼠样品,成功获得所有个体的Cyt b全序列,长度为1 143 bp,共检测到248个变异位点和65个单倍型。系统发育分析显示,最大似然树和贝叶斯树的结构基本一致,将65个单倍型分为3组(G1-G3),分别与已知的柴达木根田鼠(Microtus limnophilus)、青海松田鼠(Neodon fuscus)和高原松田鼠(N.irene)聚为单系群,支持率都为100%。遗传距离统计显示,G1、G2、G3组内两两单倍型之间的遗传距离范围分别为0.09%-3.04%、0.09%-0.70%、0.18%-1.95%;同时,G1与柴达木根田鼠参考序列之间、G2与青海松田鼠参考序列之间、G3与高原松田鼠参考序列之间遗传距离范围分别为0.61%-2.49%、0.53%-0.97%、1.77%-2.22%。结合系统发育和遗传距离分析结果,本研究中采集到的田鼠个体可以鉴定为3个物种:柴达木根田鼠(n=135)、青海松田鼠(n=30)和高原松田鼠(n=24)。其中,柴达木根田鼠分布最广(10个地点),青海松田鼠(4个地点)和高原松田鼠(3个地点)的分布区则相对狭小;3种动物在分布区上重叠度很小,仅河南县同时发现有柴达木根田鼠和青海松田鼠分布。研究表明,青藏高原东部地区至少有3种田鼠分布,种间遗传界限清晰,空间分布具有一定规律性。研究结果为了解青藏高原东部地区田鼠类动物的物种分布提供可靠的基础资料,同时为这一地区的田鼠类动物的分子鉴定方法提供参考。

摘要: 本研究扩增了169号鼠兔属样本的Cyt b基因序列,代表13个种11个亚种及5个未分类单元,下载了66条分类地位确定而完整的Cyt b基因序列,包括25种及9个亚种。构建了Bayesian系统发育树,计算了遗传距离,开展了物种界定分析;对13个种4亚种及5个未分类单元174号完整头骨和外形的20个形态学量度数据进行主成分分析、判别分析和T检验;对头骨和身体外部特征进行了比较研究。结果显示:鼠兔属包含5个亚属,分别是Ochotona,Conothoa,Pika,Lagotona和一新亚属;5个亚属间的遗传距离在12.8%-16.0%之间;高黎贡鼠兔(Ochotona gaoligongensis)是灰颈鼠兔(O.forresti)的亚种;喜马拉雅鼠兔(O.himalayana)是灰鼠兔(O.roylei)的亚种;木里鼠兔(O.muliensis)是川西鼠兔(O.gloveri)的亚种;宁夏鼠兔(O.argentata)应为蒙古鼠兔(O.pallasi)的亚种;西伯利亚鼠兔(O.turuchanensis)为高山鼠兔(O.alpina)的同物异名。藏鼠兔循化亚种(O.thibetana xunhuaensis)应提升为种:循化鼠兔(O.xunhuaensis);东北鼠兔长白山亚种(O.hyperborea coreana)应该提升为种:长白山鼠兔(O.coreana);藏鼠兔峨眉亚种(O.thibetana sacraria)应提升为种:峨眉鼠兔(O.sacraria);藏鼠兔锡金亚种(O.thibetana sikimaria)应提升为种:锡金鼠兔(O.sikimaria)。通过分子系统学和形态学研究,发现了鼠兔属1新亚属和5个新种。新亚属命名为异耳鼠兔亚属(Alienauroa subgen.n.),属模为黄龙鼠兔(O.huanglongensis sp.n.),成员包括黄龙鼠兔新种、峨眉鼠兔、循化鼠兔,以及在龙门山和大巴山发现的2个新种,共计5个种。新亚属的鉴定特征是:耳上前缘内侧有一个密被短毛的异耳屏(Congenial tragus);头骨扁平,颅面平直;眼小,眼眶长和眼眶宽均小于其他亚属;被毛粗长而无光泽;腹毛多为灰白色。5个新种分别发现于四川黄龙自然保护区、四川北部龙门山、四川北部大巴山、四川西部邛崃山、西藏雅鲁藏布江中游的朗县。我们分别将其命名为黄龙鼠兔(Ochotona huanglongensis sp.n.)、扁颅鼠兔(Ochotona flatcalvariam sp.n.)、大巴山鼠兔(Ochotona dabashanensis sp.n.)、雅鲁藏布鼠兔(Ochotona yarlungensis sp.n.)和邛崃鼠兔(Ochotona qionglaiensis sp.n.)。黄龙鼠兔的鉴定特征是:门齿孔前段平行;脑颅扁平,颅高为颅全长的33.5%;耳大,平均20 mm以上(不含耳基部的管),异耳屏三角形,但顶端圆形;毛长而粗糙,无光泽,背部毛长约20 mm;腹面毛色以灰白为主;前后足背面灰白色,腹面黑灰色,指(趾)垫大,橘黄色,露出毛外,爪黄白色半透明。扁颅鼠兔的鉴定特征是:脑颅异常扁平,颅高约11 mm,颅高仅为颅全长的31%;眼眶很小,平均6.7 mm×5.6 mm;个体小,体长140 mm以下;体毛长而粗糙无光泽,背部毛长22 mm;耳小,平均17 mm左右,异耳屏阔圆型,相对较小;背毛沙黄色,腹毛黄白。大巴山鼠兔的鉴定特征是:异耳屏镰刀状;耳相对较小,均在17 mm以下,和峨眉鼠兔、扁颅鼠兔差不多,比该亚属循化鼠兔和黄龙鼠兔小。颅高相对较大,颅面更隆突,颅高平均12.45 mm,眼眶相对较大,平均8.52 mm×7.13 mm。雅鲁藏布鼠兔的鉴定特征是:与黑唇鼠兔(O.curzoniae)和努布拉克鼠兔拉萨亚种(O.nubrica lhasaensis)有很近的亲缘关系;唇缘有很窄的深灰色圈,深灰色圈外侧为灰白色;前后足底部毛浓密,趾端毛多而长,趾垫和爪隐于毛中;个体中等,体长150 mm左右,比黑唇鼠兔和努布拉克鼠兔拉萨亚种小得多;颅面较隆突,但与黑唇鼠兔相比,颅面相对平直;被毛黑褐色。邛崃鼠兔的鉴定特征是:大小及头骨和藏鼠兔很相似,但该种和藏鼠兔的显著不同是眶间宽狭窄,平均4.05(3.64-4.19)mm,而藏鼠兔眶间宽一般超过4.2 mm,平均为4.45 mm;该种毛色为沙色带黄色调,毛粗长;藏鼠兔为黑褐色调,毛相对较短;邛崃鼠兔前后足背面为显著的草黄色,而藏鼠兔前后足背面黄白色。

摘要: 物种分子系统关系是进化生物学领域最基本也是最重要的问题之一。本研究通过测序分析了来自广西等地90个变色树蜥Calotes versicolor的ND2-tRNA基因片段,分析了不同地理种群的单倍型、种群间的遗传分化程度(F_st)和历史动态,构建了单倍型之间的分子系统关系。结果发现,所研究的地理种群共检测到45个单倍型,总体呈现较高的单倍型多样性（0.941 8）和较低的核苷酸多样性（0.005 5）,其中有6个地理种群的个体共享1个单倍型。大部分种群间F_st值较高且差异显著,遗传分化程度较高。分子方差分析结果表明,遗传变异主要来自种群内的遗传差异。系统进化分析结果表明,所研究的地理种群并没有出现明显的遗传分支且在地理上没有严格的分布范围和分化,这可能是由于种群间存在渐渗杂交或不完全的谱系筛选。网络关系图也显示各采样种群间不存在明显的谱系结构。种群历史动态分析表明,各地理种群不存在扩张现象。把所有地理种群合并在一起分析表明,贝叶斯轮廓图分析与碱基错配分析方法均检测到种群在历史上发生过快速扩张,约0.05 Ma前存在种群扩张现象。