摘要: 豚鹿属我国国家I级重点保护动物,目前国内野生种群已经灭绝,人工圈养数量少,已极度濒危。成都动物园是国内最大的豚鹿饲养单位,对该园内豚鹿进行亲子鉴定及遗传谱系建立是我国豚鹿拯救工程中一重要环节。本文利用7个微卫星标记对成都动物园27只豚鹿个体进行了基因分型,在母本已知情况下成功鉴定了13对父子关系,其中排除法鉴定8对,似然法鉴定5对且置信度达95%。将亲子鉴定的结果辅以动物园豚鹿圈养的历史记录,我们构建了该园豚鹿的遗传谱系图。本文的研究成果将为后续人工繁殖中亲本雌雄配对的个体选择以及种群的遗传管理提供参考。

摘要: 利用牛DRB3特异性引物(LA31和LA32),通过聚合酶链式反应(PCR)、单链构象多态性(SSCP)以及克隆测序技术,从12只黄麂个体中共获得20个DRB第二外显子等位基因,其中6个个体具有3～4个等位基因,提示利用该引物从黄麂中至少可以扩增出2个DRB位点。所有序列均无插入、缺失和终止密码子。基于序列比对(与牛DRB3和鹿科DRB基因同源性非常高),以及所检测到的氨基酸变异位点主要位于抗原结合区,推测本文所获得的黄麂序列为表达的、且具有重要功能的DRB位点。抗原结合区氨基酸位点的非同义替换(dN)显著大于同义替换(dS)(P<0.01),说明历史上黄麂DRB基因经历过正选择作用。CODMEL程序中的模型M7和M8似然比检测(Likelihood ratio test,LRT)结果同样支持上述推论。进一步利用经验贝叶斯法准确地检测出6个受正选择作用的氨基酸位点(位点11、37、61、67、71、86),其中的5个位点位于PBR区。因此,正选择作用可能是维持黄麂DRB基因多态性的主要机制之一。基于DRB外显子2序列利用邻接法(NJ)构建了部分偶蹄动物系统发生关系,在NJ树上,黄麂DRB基因与其它鹿科动物DRB基因呈镶嵌式分布,提示跨物种进化是维持黄麂DRB基因多态性的另一重要机制。此外,黄麂两个等位基因(Mure-DRB1和Mure-DRB11)和马鹿的两个等位基因(Ceel-DRB34和Ceel-DRB46)与牛科的等位基因构成一个独立的进化枝,说明黄麂和马鹿的某些DRB基因具有非常古老的谱系。

摘要: A new method was found which integrated Motif specific-PCR, SSCP and direct sequencing to identify the exon 2 of alleles of DRB genes in sika deer. Using this method, the detected 15 sequences which included no artificial sequences from mutation or recombination in the process all met the criterion to distinguish a new allele. The criterion is that there have to be identical sequences identified from at least two different individuals by PCR and direct sequencing. Compared with PCR-SSCP-cloning sequencing previously, this method can efficiently remove artificial sequences. Combined with the above criterion, this method provided a new approach for investigating DRB gene polymorphism of sika deer and other deer species.

摘要: 坡鹿是世界濒危物种,三个亚种分布在东南亚大陆,仅海南坡鹿种群分布在中国海南岛。2003年,国际社会的专家和学者提出了将海南坡鹿引入泰国亚种原分布区,重建已经绝灭野生种群的建议。在此种情况下,明确海南坡鹿的起源、与其它亚种间的系统发生关系、以及遗传多样性水平对有效保护坡鹿具有重要意义。本研究以线粒体DNAD-loop区490bp基因片段为分子标记,比较分析了海南坡鹿、泰国亚种和缅甸亚种共35个样本的序列差异。我们所测的样本中,总共发现4种单倍型。所有21个海南坡鹿样品共享1种单倍型。利用最大似然法(ML)、最大简约法(MP)、邻接法(NJ)和贝叶斯法(Bayesian)构建的系统进化树表明海南坡鹿种群与泰国亚种的关系较近。但是,二者也发生一定程度的遗传分化。海南坡鹿与泰国亚种的遗传距离均值为0.026。我们推测海南坡鹿可能是在更新世冰期(69万年前)通过陆桥由东南亚大陆迁入中国海南岛。我们的结论说明海南坡鹿的遗传多样性很低,并且已独立进化很长时间。因此,我们不支持将海南坡鹿引入泰国亚种的原分布区,重建已经绝灭的野生种群的设想和建议。我们建议将海南坡鹿与泰国亚种分别作为两个独立的进化显著单元(ESUs)进行管理。

摘要: 2007年12月至2008年1月,在贺兰山地区,利用痕迹检验法和直接观察法对马鹿阿拉善亚种的冬季取食和卧息生境选择进行研究。通过在选定的15条沟段里进行调查,共测定了72个取食利用样方,59个卧息利用样方和131个对照样方的18种生态因子。结果表明,马鹿在冬季偏好的取食地为平滑起伏坡,以酸枣、柳为优势乔木、混合型树林或空地,乔木高大稀疏、间距较远,灌木密度大,草本盖度较高,位于<15°的半阴半阳坡的下坡位,距裸岩远,隐蔽度高;偏好的卧息地在山地疏林草原带的平滑起伏坡上,以酸枣、柳为优势乔木、混合型树林或空地,乔木高大稀疏,灌木矮小、稀疏且距离较远,草本盖度较高,位于<15°阳坡的下坡位,远离裸岩,隐蔽程度高。马鹿冬季的取食和卧息生境在草本盖度和隐蔽度上差异极显著。相对于卧息生境,马鹿冬季的取食生境对草本盖度和隐蔽度要求更低一些。马鹿冬季取食地的资源选择函数为1.155-0.149×乔木高度-0.066×草本盖度+0.190×坡度,模型的正确判别率为86.8%;马鹿冬季卧息地的资源选择函数为-30.936+0.494×乔木高度+0.257×坡度-0.002×海拔高度+0.387×隐蔽度,模型的正确判别率为95.8%。食物、隐蔽条件以及贺兰山的独特地形特征是影响马鹿冬季取食和卧息生境选择的主要因素。