摘要: 婴鲤属（Paedocypris）是世界上已知最小的鱼类，也是最小的脊椎动物之一。前期研究通过绘制P. carbunculus和P. micromegethes的基因组草图和比较基因组学分析表明，Hox家族基因的丢失和内含子缩短/重复序列减少可能是分别导致婴鲤属体型小型化和基因组简化的潜在原因。然而，其体型小型化在转录表达层面上的分子机制尚未得到探究。本研究对P. carbunculus和P. micromegethes样本分别开展全长转录组测序，获得两种婴鲤的全长转录组文库。经校正去冗余后，分别获得38 651和23 165条校正后共识序列，平均长度分别为2 413 bp和2 460 bp，这些序列分别有35 883(92.84%)和20 381(87.98%)条比对到了参考基因组上。对这两个物种全长转录组数据进行分类及特征分析，分别获得19 352和11 139条全长转录本。本研究在P. carbunculus和P. micromegethes的全长转录本数据中分别检测到9 404和6 068个可变剪切事件，以A5型可变剪接事件为主。还观察到大多数基因（分别占74.55%和84.75%）只有一个可变多聚腺苷酸化位点。对转录因子进行注释和分类显示，在婴鲤属中数量最多的转录因子家族为zf-C2H2，其次是ZBTB。还在这两个婴鲤属物种中分别预测到1382和1649条长链非编码RNA。通过将婴鲤与鲤（Cyprinus carpio）、鲢（Hypophthalmichthys molitrix）、大西洋鲑（Salmo salar）和银大麻哈鱼（Oncorhynchuskisutch）的全长转录本数据进行比较，发现婴鲤Hox家族表达的基因数量远小于其他4种鱼，这表明在基因表达层面上，Hox家族基因的缺失可能也是从功能上导致婴鲤属体型小型化的原因之一。研究还发现婴鲤属表达更多与重要发育通路相关的基因，这些与发育功能相关的基因相比转录组中其他基因拥有更少的基因融合事件。本研究报道了婴鲤属两个物种的全长转录组全景图谱及相关分析结果，为进一步解析婴鲤体型小型化的分子机制提供了新的见解。

摘要: 利用单细胞转录组测序技术在细胞水平探究花斑裸鲤（Gymnocypris eckloni）肾、肝和脾三种造血器官中的细胞组成类型，系统描绘花斑裸鲤这三种造血器官的细胞图谱，为进一步研究花斑裸鲤造血系统发育，尤其是红细胞发育积累科学数据。研究方法包括花斑裸鲤肾、肝和脾三种造血器官的单细胞悬液制备、单细胞RNA-seq文库构建、测序以及降维聚类分析、细胞注释、差异基因分析和功能富集分析。结果表明，花斑裸鲤三种造血器官内存在类型丰富的细胞，包括红细胞、中性粒细胞、T细胞、B细胞、树突状细胞、上皮细胞、巨噬细胞、血管内皮细胞、肌细胞、成纤维细胞、单核细胞和神经细胞。在三种器官中细胞分布存在较大的异质性：脾中参与发挥红细胞功能的细胞群分布占比较大；肾中参与免疫反应的细胞群分布占比较大；肝中血管内皮细胞和肌细胞分布占比较大。在功能方面，花斑裸鲤与多数硬骨鱼类相似，它的肾、脾和肝不仅参与造血及红细胞的发育，而且对于免疫系统的发育和应答等过程也发挥一定作用。本研究从单细胞角度对花斑裸鲤造血系统发育研究进行了一定的补充与完善，展现了三种造血器官中细胞分布的特征与差异，对于后续进一步预测花斑裸鲤的红细胞发育路径提供了一定的研究基础。

摘要: 为探究花生粕替代豆粕对禾花鲤(Cyprinus carpio rubrefusus)乳源1号生长性能及肠道健康的影响,研究选取120尾大小相近的乳源1号,随机分为2组,每组3个重复。分别用50%花生粕替代豆粕的饲料(实验组)和普通配合饲料(对照组)投喂实验鱼,开展为期8周的养殖实验,比较分析实验组与对照组的生长性能、肠道消化酶活性、形态、转录组及菌群多样性差异。结果表明:(1)实验组增重率与特定生长率显著高于对照组(P<0.05),饲料系数显著降低(P<0.05);(2)实验组肠道脂肪酶活性显著升高(P<0.05),肠绒毛结构与对照组无显著差异;(3)转录组分析显示,实验组差异表达基因显著富集于脂肪酸代谢相关通路,包括脂肪酸代谢、脂肪酸降解和脂肪酸延伸信号通路,提示花生粕替代豆粕后改变了与脂质代谢相关基因的表达,进而促进脂肪利用;(4)菌群结构及多样性分析表明,实验组肠道菌群Shannon与Simpson指数显著升高(P<0.05),厚壁菌门丰度显著增加,气单胞菌属等潜在致病菌丰度降低;(5) PICRUSt2功能预测表明,在二级功能层,实验组脂代谢通路相对丰度显著高于对照组。综上,花生粕替代50%豆粕可显著提高禾花鲤乳源1号生长性能,改善肠道菌群结构并增强脂质代谢能力,为禾花鲤优质选育及豆粕减量替代技术提供理论支持。

摘要: 为探究长链酰基辅酶A合成酶(ACSL)基因家族在青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)盐碱适应中的作用,研究基于裸鲤全基因组数据对ACSL家族进行了系统鉴定,并分析了盐碱胁迫(盐度16.67‰,碱度32 mmol/L)条件下ACSL家族的组织特异表达模式。结果显示,青海湖裸鲤ACSL基因家族包含9个成员(ACSL1a、ACSL1b、ACSL2、ACSL3a、ACSL3b、ACSL4a、ACSL4b、ACSL5、ACSL6),分别编码640—834个氨基酸。Motif和结构域分析表明,除ACSL3a(缺失motif6、motif10)和ACSL3b(缺失motif10)外,其余成员均拥有10个motif。9个ACSL基因分布于9条染色体(Chr8、13、15、40、41、48、64、82、87)。所有ACSL蛋白均为亲水性蛋白,其中ACSL4b产物为酸性蛋白质,其余均为碱性蛋白质。除ACSL2和ACSL3a外,其余均为稳定蛋白。亚细胞定位预测结果显示, ACSL2定位于细胞质, ACSL3a、ACSL3b、ACSL4a、ACSL4b定位于过氧化物酶体,其余均定位于细胞膜。qRT-PCR结果显示, ACSL基因家族成员表现出不同的组织分布模式, ACSL3b、ACSL4b和ACSL5在肾脏中高表达, ACSL3a、ACSL4a和ACSL5在肠道中高表达。在盐碱胁迫后, ACSL2、ACSL3a、ACSL6在鳃组织中显著上调, ACSL1a、ACSL2、ACSL3a、ACSL5在肾脏组织中显著上调, ACSL3b、ACSL6在肠道组织中表达显著上调。研究揭示了青海湖裸鲤ACSL基因家族在盐碱胁迫下通过脂代谢供能、维持渗透平衡及免疫调控的多种生理功能。

摘要: 实验旨在研究饲料精氨酸添加量对松浦镜鲤（Cyprinus carpio Songpu）生长性能、饲料利用率、肌肉品质及抗氧化能力的影响。以饲料精氨酸水平分别为0.71%、1.06%、1.41%、1.76%、2.11%及2.46%的6种等氮的半精制饲料（粗蛋白含量为28.11%）,投喂初始体质量为（298.89±15.30） g的松浦镜鲤56d。结果表明:松浦镜鲤的增重率（WRG）、特定生长率（SGR）及蛋白质效率（PER）与饲料中精氨酸水平均呈先上升后下降的变化趋势,均在精氨酸含量为1.41%时达到峰值。而饲料系数（FCR）趋势与之相反, 1.41%组FCR显著低于除1.76%组外的其余各组（P<0.05）。在1.41%组,肌肉的硬度、弹性、咀嚼性及剪切力数值均优于其他各组,而肌肉在离心和蒸煮过程中水分流失量最少,其中离心失水率显著低于0.71%和2.46%组（P<0.05）,但蒸煮损失率未与其余各组产生显著差异（P>0.05）。与0.71%、2.11%和2.46%三组相比,肌纤维直径在1.41%组显著降低（P<0.05）,而肌纤维密度显著高于除1.76%组的其余各组（P<0.05）。肌肉色泽中L_*和b_*值呈先下降后上升的变化趋势, L_*值和b_*值分别在1.76%组和1.41%组显著降低（P<0.05）,而a_*值呈现相反变化趋势, 1.41%组数值高于其余各组但无显著差异性（P>0.05）。肌肉中超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）、过氧化氢酶（CAT）、谷胱甘肽（GSH）和总抗氧化能力（T-AOC）等指标数值均在1.41%组时显著高于其余各组（P<0.05）,但肌肉中丙二醛（MDA）含量则在此组降至最低,且差异性不显著（P>0.05）。在基因水平上,当精氨酸添加量为1.41%时,肌肉中雷帕霉素靶蛋白（tor）、蛋白激酶B（akt）、S6蛋白激酶1（s6k1）、4E结合蛋白1（4ebp1）及叉头框蛋白O1（foxo1）的等基因的表达量得到显著提高（P<0.05）。综上,结合松浦境鲤WRG、SGR及FCR与饲料精氨酸水平进行二次曲线回归分析,得到生长中期鲤鱼对饲料中精氨酸最适需求量为饲料干物质的1.41%—1.58%。