摘要: 研究采用高通量第二代测序技术,构建获得兰州鲇(Silurus lanzhouensis)线粒体基因组全序列,并对全序列特征和结构进行了分析。研究结果表明,兰州鲇线粒体基因组全序列长度为16523 bp,碱基组成具有高A+T低G+C含量的偏向性,具有脊椎动物典型的结构组成。13个PCG基因中存在2种启动子(ATG、GTG)、3种终止子(TAG、TAA和T或TA)。除t RNA-Ser~(AGN)基因二级结构中DHU臂缺失,其余21个t RNA基因可折叠成典型三叶草结构。12S rRNA二级结构由45个茎环结构组成4个结构域,16S rRNA由54个茎环结构组成6个结构域。含有关键序列标签的控制区(CR)可分为3个不同的结构域:终止序列区(TAS1、TAS2)、中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和保守序列区(CSB1、CSB2和CSB3)。非编码区含有一段保守的控制轻链复制起始的序列区(O_L)。基于线粒体基因组全序列和通用标签COX1基因标记可区分兰州鲇同其他鲇形目鱼类种质进化关系。

摘要: 为了丰富黄河、松花江和大洋河鲇的肌肉营养数据,试验采用国家标准方法对4个自然河段鲇群体(黄河白银段BY、黄河郑州段ZZ、松花江哈尔滨段HEB和大洋河东港段DG)背部肌肉的营养组成进行测定。结果表明,BY群体粗蛋白显著(P<0.05)高于ZZ和DG两群体,BY群体粗脂肪显著(P<0.05)高于ZZ、DG和HEB三群体。四群体脂肪酸组成以不饱和脂肪酸为主,单不饱和脂肪酸中油酸含量最高,BY群体油酸含量显著(P<0.05)高于ZZ、DG和HEB三群体,BY群体∑EPA+DHA含量最低,和ZZ、DG和HEB三群体有显著(P<0.05)差异。四群体氨基酸组成均以谷氨酸含量最高。除缬氨酸和异亮氨酸外,四群体其余氨基酸评分(AAS)均接近或大于1;四群体各氨基酸的化学评分(CS)均大于0.5。缬氨酸为第一限制性氨基酸,异亮氨酸为第二限制性氨基酸。必需氨基酸指数(EAAI),HEB群体最高,DG群体最低。该结果说明,BY群体与ZZ、DG和HEB三群体营养价值差别大,ZZ、DG和HEB三群体间营养价值接近。四群体的营养差异可能由不同地理环境导致。

摘要: 针对目前兰州鲇(Silurus lanzhouensis)种质资源救护保存和良种选育等研究工作中面临的亲子鉴定及系谱管理等问题,研究应用微卫星荧光标记多重PCR与自动测序分型技术,建立了2组四重PCR和2组三重PCR体系,并成功应用于3个家系亲子鉴定中。利用Cervus v.3.0软件对110尾兰州鲇进行遗传多样性分析,结果显示:研究筛选的14个微卫星标记的平均观测杂合度(H_o)为0.750,平均期望杂合度(H_e)为0.667,平均多态信息含量(PIC)为0.624,具有丰富的遗传多样性。对已知系谱信息的3个兰州鲇家系的90尾子代和20尾候选亲本进行亲子鉴定分析,结果表明,双亲基因型未知累积排除概率(CE-1P)、单亲基因型已知累积排除概率(CE-2P)和双亲基因型已知累积排除概率(CE-PP)分别为0.99753092、0.99983971和0.99999964。4组多重PCR累积模拟鉴定率为100%,累积实际鉴定率为83%。采用50尾个体进行双盲验证,利用MEGA7.0对3个家系50尾个体进行聚类分析,结果表明同一家系94%的个体聚类分析结果与系谱关系一致。研究构建的兰州鲇4组微卫星多重PCR亲子鉴定技术为兰州鲇不同种质混养保存、种质选配扩繁、选育系谱管理和分子标记辅助选育等提供了重要技术支持。

摘要: 为探索地理隔离对鲇楚克拉虫(Zschokkella parasiluri Fujita, 1927)株系分化的影响规律,研究对鲇楚克拉虫进行了广泛采样并获得了鲇楚克拉虫重庆沙坪坝株系(S3)、重庆渝北株系(S4)、重庆秀山株系(S5)、贵州铜仁株系(S6)及河南信阳株系(S7)等5个地理株系,其中重庆秀山、贵州铜仁和河南信阳为鲇楚克拉虫的地理新记录。基于形态与18S rDNA分子数据对鲇楚克拉虫不同地理株系进行了比较研究。结果表明,研究获得的鲇楚克拉虫5个地理株系的形态与原始报道及已发表的其他株系一致,主成分及显著性差异分析进一步显示, 5地理株系间(S3—S7)形态量度无显著差异。联合已有分子信息的湖北株系(S1)和重庆渝北株系(S2)进行遗传学比较分析,结果显示7株系间(S1—S7) 18S rDNA序列相似度为98.7%—100%,遗传距离为0—0.006。这表明,鲇楚克拉虫不同地理株系间已有一定程度的遗传分化。系统发育分析表明,鲇楚克拉虫各株系间并未形成地理种群特有的单系,地理隔离可能并非鲇楚克拉虫株系分化的决定性因素。

摘要: 研究以不同生境兰州鲇群体为研究对象,通过细菌16S rDNA V3—V4区域高通量测序的方法,开展不同环境下肠道菌群组成、丰富度、多样性差异和功能预测的研究。实验共分为4组,其中养殖型为池塘组(CT)和网箱组(WX);野生型为陶乐组(TL)和磴口组(DK)。结果显示,兰州鲇肠道核心菌门为梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria);核心菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)和邻单胞菌属(Plesiomonas)。肠道菌群α和β多样性分析结果显示, 26.5℃较20℃的兰州鲇肠道菌群多样性更高;单一种类的网箱养殖较其他养殖模式的兰州鲇肠道菌群多样性更低。进一步对兰州鲇肠道菌群组成及丰度进行组间差异性分析,结果显示, CT组拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度与TL组有极显著差异(P≤0.01)、与WX组有显著性差异(P≤0.05);而CT组放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著高于野生型两组(P≤0.05),甲基杆菌属(Methylobacterium)丰度显著高于WX组和TL组(P≤0.05)。进一步结合环境因子分析表明,温度、pH和氨氮浓度可能是兰州鲇肠道菌群组成和丰度的重要影响因素。预测的肠道菌群功能表明,不同的环境会影响兰州鲇肠道菌群的代谢能力。综上所述,不同的生长环境对兰州鲇肠道菌群的组成、丰富度和预测的菌群功能具有显著影响,这有助于通过改善pH、温度和氨氮浓度,有效控制兰州鲇肠道菌群,进而降低兰州鲇患病概率和提高兰州鲇苗种的驯食转化率,从而促进兰州鲇养殖业的可持续发展。