摘要: 为探究大海马(Hippocampus kuda Bleeker)幼体在高盐、低盐胁迫条件下的基因表达水平的变化规律,对实验条件下的大海马幼体的肝脏样品进行了转录组测序。对照组(CK, 25‰)、高盐(HS-test, 31‰)和低盐(LS-test, 17‰)胁迫组共获得71794个单基因簇(Unigenes), N50为1780 bp,平均长度为820.71 bp。高盐胁迫组与对照组比较,共获得2740个差异表达基因(DEGs),其中495个DEGs上调, 2245个DEGs下调;与对照组相比,低盐胁迫组共获得3715个DEGs,其中1854个DEGs上调, 1861个DEGs下调。高/低盐胁迫组DEGs经KEGG数据库富集发现,高/低盐度胁迫均能导致大海马幼体体内氨基酸代谢、免疫代谢、能量和脂肪酸代谢相关基因受到影响。其中,低盐胁迫时能量代谢和氨基酸代谢的相关基因显著上调,高盐胁迫时脂肪酸代谢的相关基因显著下调,而高/低盐胁迫时免疫代谢的相关基因都显著上调。从经过盐度胁迫的大海马幼体的肝脏转录组中分别筛选到免疫相关基因Gst、Hsp70、Hsp90、Sod、Bcl-2、Gadd45α、Tcrβ、Tap2和Traf3,脂肪酸代谢相关基因Fadsd6、Fas、Sqle、Cyp51、Elovl6和Slc27a6,能量代谢相关基因Vlcad、Pdha1、Mdh1、Idh3b、G6pd和Sdhd,及一些氨基酸代谢相关基因Gldc、Atp6v1e1、Sms、Fadh、Asl、Ass1和Glud1等,可作为大海马幼体响应环境盐度变化应激的候选基因。研究结果为盐度胁迫下大海马幼体的稳态调控机制的研究奠定了一定基础,有助于在养殖实践中预防极端的盐度改变对大海马幼体所造成的影响。

摘要: 用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47,收集TRIM47~(-/-)(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析,以鉴定差异表达基因(DEGs)。总共确定了271个DEGs,经过简要分析,将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富集分析,与WT组相比, TRIM47~(-/-)组的脑中DEGs集中在细胞黏附和谷氨酸能突触信号传导途径中。在脾脏中,与野生型组相比, TRIM47~(-/-)组的DEGs在补体和凝血级联信号通路中发生了变化。使用qRT-PCR验证了脑和脾中与补体途径相关的基因,与转录组数据一致。这些结果表明, Trim47在脾脏和大脑中起着重要的生物学作用,尤其是通过补体途径参与先天免疫功能。体内感染实验表明, trim47基因敲除可提高斑马鱼中鲤春病毒血症病毒(SVCV)的感染率。总之,这些发现为TRIM成员在先天免疫中的功能提供了新线索。

摘要: 分别以斑马鱼(Danio rerio)和鲤(Cyprinus carpio L.)为研究材料,通过克隆斑马鱼和鲤miR-1-2和133a-1的基因间增强子序列,利用活体和离体实验探讨其是否具有肌肉特异性;并通过荧光素酶报告系统等研究转录因子MyoD是否调控该序列。研究结果显示:在活体实验中,无论斑马鱼还是鲤, miR-1-2/133a-1基因间序列均有肌肉特异性,且保留有保守区域(cr,含有E-box)的序列,注射72h后GFP表达量明显高于其他突变体。体外细胞实验也显示,转染含有cr序列的实验组,分化后的荧光素酶活性明显高于分化前。进一步探讨MyoD对miR-1-2/133a-1基因间序列的调控作用结果显示:无论是斑马鱼还是鲤, miR-1-2/133a-1基因间序列活性均受MyoD调控。结果为完善鱼类肌肉发育机理,及未来的鱼类分子育种奠定基础。

摘要: 为了进一步研究fbxo32在肝脏相关疾病中的作用,进行了traf6缺失斑马鱼Danio rerio肝脏的组织切片分析,结果显示斑马鱼traf6缺失个体表现出明显的肝萎缩特征,包括肝脏组织结构松散、肝细胞排列不规则及缺少肝脂肪滴等症状。同时荧光定量实验表明fbxo32 mRNA在检测过的野生型斑马鱼组织中均有一定量的表达,在肝脏中表达量较低而在卵巢中表达量较高。而与野生型斑马鱼相比, fbxo32 mRNA在traf6突变体斑马鱼肝脏中的表达量上调超过100倍。进一步原位杂交结果显示, fbxo32 mRNA的信号主要集中于肝脏细胞,而在血细胞中则没有检测到信号。特别是与野生型斑马鱼相比, fbxo32 mRNA在traf6突变型斑马鱼肝脏中的信号明显增强。实验结果表明traf6缺失能引起fbxo32基因的上调表达,并会导致traf6突变型斑马鱼肝脏发育异常并发生萎缩。

摘要: 为了研究鱼类的甲基转移酶set9 [SET domain containing (lysine methyltransferase) 9,也称作set7/setd7]在低氧耐受中的功能,以斑马鱼(Danio rerio)作为模式生物,利用CRISPR/Cas9 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR associated protein 9)基因编辑技术,在斑马鱼set9基因的第一个外显子上设计了Cas9的靶位点,对其进行基因敲除,获得了缺失8个碱基的set9基因敲除的斑马鱼品系。对受精后3d的斑马鱼幼鱼和3月龄的斑马鱼成鱼进行低氧胁迫处理,比较了野生型及set9基因敲除的斑马鱼的低氧耐受能力;并对低氧胁迫处理后的3月龄的野生型及set9基因敲除的斑马鱼成鱼的脑组织取材、固定并进行TUNEL染色。结果显示:set9基因敲除的斑马鱼与野生型相比,其低氧耐受能力显著增强,脑组织中的细胞凋亡水平显著减少。研究为进一步揭示鱼类甲基转移酶set9在低氧耐受中的功能和分子机制提供了线索,并为培育耐低氧鱼类新品种提供了候选靶标。