摘要: 马勒姆杯棕鞭藻(Poterioochromonas malhamensis)是典型的混合营养型单细胞鞭毛藻,因个体微小且形态多变,该鞭毛藻的正确鉴定十分困难,且至今针对该物种一直没有详细全面的形态描述。从小球藻的大规模培养中分离出一株捕食性鞭毛藻P. malhamensis CMBB008,利用荧光染色、扫描和透射电镜等方法,对其形态学特征进行了详尽的描述,并获取该物种的SSU rDNA和rbc L基因序列用于探讨该物种的系统发育地位。文章在前人形态描述的基础上,详细记录了囊壳和叶绿体的形态:囊壳柄长18.3—47.5μm,杯体宽8.5—11.3μm,深6.3—10.7μm;叶绿体1—2个,为中间桥接的二裂片状。文章还结合光镜和电镜观察首次报道了该物种的硅质胞囊,发现其具有独特的三层领状结构和顶端孔塞结构,并揭示了其主要细胞器的超微结构及重要代谢产物,如油滴和金藻昆布多糖液泡等。通过不同种株间的比较研究发现,作为Poterioochromonas属重要形态特征的囊壳和叶绿体,由于形态变异性高,不适合用于P. malhamensis的鉴定,而胞囊形态很可能作为Poterioochromonas种间区分的重要形态特征。分子系统发育分析显示Poterioochromonas所有株系聚为一大支,表明该属是单系类群。P. malhamensis CMBB008位于模式株P. malhamensis SAG933-1a所在的大分支内。Poterioochromonas支系可分为P. malhamensis和P. stipitata两个姊妹群, P. malhamensis支系可进一步分为两个姊妹支,其中CCMP3181可能并不是P. malhamensis。研究补充和完善了P. malhamensis的形态和分子数据,并从形态学和分子系统发育学角度为Poterioochromonas属的分类研究提供重要的参考信息。

摘要: 研究利用随机扩增多态性DNA (Random Amplified Polymorphic DNA, RAPD)技术,以斑马鱼基因组DNA和其养殖水体中的环境DNA (environmental DNA, eDNA)为模板,检测0~#柴油可溶性组分对斑马鱼(Danio rerio)遗传毒性的影响。结果显示,通过基因组DNA和eDNA扩增的RAPD图谱均可检测到0~#柴油对斑马鱼的遗传毒性。在未受到柴油暴露时,斑马鱼基因组DNA和水环境中eDNA在96h内的RAPD图谱均无明显变化;在不同浓度的柴油暴露下,随着暴露时间(0、24h、48h、72h、96h)延长,基因组DNA和eDNA的多态性位点减少,模板稳定性降低;随着柴油浓度(15%、50%、100%)的增加,基因组DNA和eDNA的多态性位点也减少,模板稳定性降低。这表明0~#柴油对斑马鱼基因组DNA和eDNA的遗传毒性均呈现时间-效应和浓度-效应关系,并且无论以斑马鱼基因组DNA还是eDNA为模板,柴油暴露组和未进行暴露的对照组的RAPD扩增图谱条带变化趋势一致。研究结果为通过RAPD技术检测柴油对水生生物的遗传毒性提供了新的研究思路和技术手段。

摘要: 利用斑马鱼(Danio rerio)野生型与肌间刺完全缺失突变型个体,从骨骼染色和骨骼发育相关基因表达两方面,初步评价了肌间刺缺失对斑马鱼骨骼发育的影响。通过骨骼染色对比观察了两种肌间刺表型个体受精后8dpf(days post fertilization, dpf)到56dpf的骨骼发育情况,结果显示,两种肌间刺表型除肌间刺外,其他骨骼发育基本同步。此外,通过qRT-PCR实验检测分析了6个骨骼发育相关基因(bmp2a、bmp4、smad1、smad4a、runx2a和sp7)在不同肌间刺表型5个胚胎发育时期(3hpf囊胚期、6hpf原肠胚期、12hpf体节期、24hpf咽囊期和72hpf孵化期)和5个胚后生长阶段(15、30、45、60和75dpf)的表达情况。结果显示:在胚胎发育时期,野生型和突变型个体中bmp2a、bmp4、smad1、smad4a基因和突变型个体中sp7基因的表达均呈现先升后降的变化趋势,且在体节期达到最高表达水平;野生型和突变型个体中runx2a基因和野生型个体中sp7基因则表现为逐渐上升的趋势。6个基因在囊胚期和原肠胚期表达量无显著差异, bmp2a的表达水平在体节期、咽囊期和孵化期无显著差异,野生型个体bmp4、smad1、smad4a、runx2a基因在体节期、咽囊期和孵化期的表达水平明显高于突变型,而sp7基因则表现为突变型明显高于野生型。胚后发育阶段6个基因在5个生长阶段均呈现逐渐下降的趋势,且在两种肌间刺表型间其表达仅在个别时期差异显著。综上所述,肌间刺的缺失对斑马鱼骨骼发育表现型无显著影响,只在胚胎发育时期影响骨骼相关基因表达水平的变化;结合骨骼染色结果,推测肌间刺缺失对斑马鱼骨骼发育无显著影响。

摘要: 研究利用细胞色素b(Cyt b)基因分析了采自于伊洛河的48个马口鱼(Opsariichthys bidens)个体间的遗传距离,并构建其系统发育关系。分析结果显示, 48个个体聚为两个支持率为100%的分支,分支间没有共享单倍型。每个分支的样本覆盖了所有的采样点,分支内个体间的平均遗传距离为0.2%,而分支间的遗传距离为3.1%。微卫星分析结果显示, 99.88%的遗传差异来自于种群内个体间,种群间的差异只占了0.12%,两个分支种群并没有发生显著的遗传分化(Fst=0.0012, P=1)。以δ13C和δ15N构建了两个分支的生态位,结果显示,伊洛河马口鱼的两个分支的营养生态位没有发生分离。基于线粒体Cyt b基因的遗传分歧,伊洛河马口鱼的两个分支可能代表不同的物种。但它们在种群遗传结构上并没有发生显著的种群分化,个体间亲缘关系树与系统发育树的分歧暗示种群间不存在生殖隔离,营养生态位也没有分离。研究结果并不符合隐存种的解释,伊洛河马口鱼两个分支间线粒体DNA的遗传差异可能源自于祖先种群或者种间杂交。

摘要: 为进一步了解硬骨鱼类特有的finTRIM (Fish novel tripartite motif, ftr)在斑马鱼(Danio rerio)抗病毒天然免疫中的作用,研究克隆了斑马鱼ftr56基因并分析了其对鲤春病毒血症病毒(Spring viremia of carp virus,SVCV)增殖的抑制作用。根据NCBI中斑马鱼ftr56序列设计引物,采用PCR方法,扩增ftr56 CDS区,连接至真核表达载体pcDNA4.0-His,构建真核表达质粒pcDNA4.0-ftr56-His,进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术检测SVCV感染斑马鱼胚胎成纤维细胞(ZF4)后ftr56 mRNA的变化。系统进化树分析显示,斑马鱼FTR56单独聚为一支。氨基酸多序列比对结果显示,其与黑猩猩、牛、鼠的TRIM56相似度为22%—23%。FTR56二级结构具有1个RING指结构域, 1个B-box结构域, 1个卷曲螺旋结构域和1个B30.0结构域。qRT-PCR检测结果显示, ftr56在SVCV感染后24h表达量显著上升。在过表达ftr56后, SVCV的G蛋白mRNA水平和蛋白水平在12h和24h相比对照组明显减少,培养基上清中SVCV滴度也明显降低,表明FTR56抑制SVCV的增殖。实验为进一步揭示finTRIM在鱼类病毒性疾病中的免疫调节机制提供参考。