摘要: 为探究塔里木河流域塔里木马鹿（Cervus elaphus yarkandensis）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule realtime sequencing,SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads,clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7.764±0.044）,Simpson指数为（0.015±0.001）,Chao1指数为（12 242.668±695.106）,ACE指数为（9 366.423±407.612）。塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes,60.51%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,26.02%）、变形菌门（Proteobacteria,3.61%）、疣微菌门（Verrucomicrobia,1.57%）和浮霉菌门（Planctomycetes,1.46%）。相对丰富度在前10的菌属为Papillibacter(5.48%)、拟杆菌属（Bacteroides,5.12%）、Muribaculum(4.69%)、Phocaeicola(4.49%)、Lawsonibacter(4.31%)、瘤胃球菌属（Ruminococcus,4.09%）、Intestinimonas(3.06%)、普氏菌属（Prevotella,2.87%）、克里斯滕森菌属（Christensenella,2.71%）和弯曲杆菌属（Campylobacter,2.54%）。PICRUSt 16S功能预测结果表明，塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢（48.58%）、遗传信息处理（19.04%）和环境信息处理（12.08%）；其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢（9.47%）、氨基酸代谢（9.93%）为主，并且环境信息处理的膜转运（9.96%）基因相对丰富度最高。研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能，为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据。

摘要: 野生动物应激水平的非损伤性评估是了解野生动物对景观条件产生生理反应的重要方法。粪便皮质醇代谢产物（faecal cortisol metabolites,FCM）水平被认为是评价动物压力的潜在生物标志物。影响濒危东北马鹿（Cervus elaphus xanthopygus）应激的环境因子可能包括道路、植被、人为干扰和海拔等，因此采用酶联免疫分析法（ELISA）分析内蒙古高格斯台罕乌拉国家级自然保护区东北马鹿种群的粪便皮质醇激素数据，利用多元线性回归模型构建东北马鹿粪便皮质醇激素与环境因子的线性关系，探索环境因子影响东北马鹿粪便皮质醇激素的变化情况。结果表明：82只不同东北马鹿个体粪便皮质醇激素水平为2.05～114.3 ng/g，平均水平为（37.56±24.25）ng/g。距道路距离、归一化植被指数（normalized difference vegetation index,NDVI）和海拔是驱动皮质醇激素水平变化的主要因子。马鹿粪便皮质醇激素水平与距道路距离、NDVI呈负相关，与海拔呈正相关。随着海拔的升高，马鹿平均粪便皮质醇水平呈上升趋势。测量粪便皮质醇激素为评估环境压力下应激源对野生动物的影响提供了一种无损伤性监测策略。了解环境因子对东北马鹿粪便皮质醇的影响，可以为制定保护区管理政策和保护策略提供理论基础。

摘要: 由于人类活动干扰及自然环境变化，东北马鹿（Cervus elaphus xanthopygus）的生存面临诸多问题。为掌握东北马鹿遗传多样性现状，进而为马鹿种群的健康状况提供评估依据，利用线粒体Cyt b基因和微卫星2种分子标记对内蒙古大兴安岭南麓高格斯台罕乌拉国家级自然保护区内的东北马鹿进行种群遗传多样性评估。结果表明：246份新鲜马鹿粪便隶属于182只个体；微卫星标记表明平均期望杂合度为（0.729±0.016），平均观测杂合度为（0.768±0.029），线粒体标记表明单倍型多样性为（0.347±0.035），核苷酸多样性为（0.248±0.025）%，种群存在较高比例的稀有单倍型（33.33%）。该地区马鹿种群遗传多样性处于中等偏低水平，未来可能存在单倍型丢失的风险。因此，为避免出现遗传多样性下降的风险，建议该地区加强对马鹿种群的管理与保护，并促进与邻近区域马鹿个体的基因交流。

摘要: 为探寻野生和圈养塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)的基因表达谱是否存在差异,并进一步筛选该物种适应干旱环境的相关基因,利用RNA-Seq技术对野生和圈养塔里木马鹿的皮肤组织进行转录组测序,对测序数据质控后比对参考基因组,筛选差异表达基因并对其进行功能注释和富集分析,利用qRT-PCR方法对转录组测序结果进行可靠性检测。结果显示:与圈养塔里木马鹿相比,在野生塔里木马鹿皮肤组织中共有3 303个差异表达基因,包括上调表达基因1 535个,下调表达基因1 768个,其中上调表达基因显著富集在221个GO terms和12个KEGG通路上,下调表达基因显著富集在1 104个GO terms和38个KEGG通路上;qRT-PCR分析结果显示,转录组测序结果可靠。相比于圈养塔里木马鹿,皮肤和表皮发育相关基因、DNA损伤修复相关基因、转谷氨酰胺酶编码基因和热休克蛋白家族基因在野生塔里木马鹿皮肤组织中上调表达,表明这些基因可能直接或间接参与塔里木马鹿在极端干旱炎热环境中的皮肤保护策略,通过最大限度地减少水分流失和调节体温来保护机体免受外界刺激的损伤。皮肤发育相关基因(K2C6A)、热应激相关基因(HSPA4、TRAP1和HSPH1)和氧化应激相关基因(PRDX2和PRDX6)在塔里木马鹿干旱环境适应性中可能发挥潜在作用。

摘要: 为更好地监测马鹿(Cervus elaphus)的生存状态,有效促进隔离小种群复壮,使用16S rRNA高通量测序技术对内蒙古赛罕乌拉国家级自然保护区马鹿夏季肠道菌群多样性及结构进行分析。结果表明:拟杆菌门(Bacteroidetes,29.55%)、变形菌门(Proteobacteria,29.30%)、厚壁菌门(Firmicutes,29.30%)和放线菌门(Actinobacteria,5.78%)是马鹿主要优势菌门;拟杆菌属(Bacteroides,4.30%)、瘤胃球菌属(Ruminococcaceae UCG-005,3.34%)、埃希氏菌-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella,2.87%)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter,2.62%)和毛螺菌属(Lachnospiraceae＿NK4A136＿group,2.43%)是马鹿主要优势菌属。变形菌门、柠檬酸杆菌属和埃希氏菌-志贺氏菌属等与肠道疾病相关的菌群丰度偏高,推测该地区马鹿或许存在肠道疾病。