摘要: 为探究塔里木河流域塔里木马鹿（Cervus elaphus yarkandensis）冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（single molecule realtime sequencing,SMRT）对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序，共获得298 578个clean reads,clean reads聚类获得28 026个OTU，包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示，塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为（7.764±0.044）,Simpson指数为（0.015±0.001）,Chao1指数为（12 242.668±695.106）,ACE指数为（9 366.423±407.612）。塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes,60.51%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,26.02%）、变形菌门（Proteobacteria,3.61%）、疣微菌门（Verrucomicrobia,1.57%）和浮霉菌门（Planctomycetes,1.46%）。相对丰富度在前10的菌属为Papillibacter(5.48%)、拟杆菌属（Bacteroides,5.12%）、Muribaculum(4.69%)、Phocaeicola(4.49%)、Lawsonibacter(4.31%)、瘤胃球菌属（Ruminococcus,4.09%）、Intestinimonas(3.06%)、普氏菌属（Prevotella,2.87%）、克里斯滕森菌属（Christensenella,2.71%）和弯曲杆菌属（Campylobacter,2.54%）。PICRUSt 16S功能预测结果表明，塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢（48.58%）、遗传信息处理（19.04%）和环境信息处理（12.08%）；其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢（9.47%）、氨基酸代谢（9.93%）为主，并且环境信息处理的膜转运（9.96%）基因相对丰富度最高。研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能，为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据。

摘要: 为探寻野生和圈养塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)的基因表达谱是否存在差异,并进一步筛选该物种适应干旱环境的相关基因,利用RNA-Seq技术对野生和圈养塔里木马鹿的皮肤组织进行转录组测序,对测序数据质控后比对参考基因组,筛选差异表达基因并对其进行功能注释和富集分析,利用qRT-PCR方法对转录组测序结果进行可靠性检测。结果显示:与圈养塔里木马鹿相比,在野生塔里木马鹿皮肤组织中共有3 303个差异表达基因,包括上调表达基因1 535个,下调表达基因1 768个,其中上调表达基因显著富集在221个GO terms和12个KEGG通路上,下调表达基因显著富集在1 104个GO terms和38个KEGG通路上;qRT-PCR分析结果显示,转录组测序结果可靠。相比于圈养塔里木马鹿,皮肤和表皮发育相关基因、DNA损伤修复相关基因、转谷氨酰胺酶编码基因和热休克蛋白家族基因在野生塔里木马鹿皮肤组织中上调表达,表明这些基因可能直接或间接参与塔里木马鹿在极端干旱炎热环境中的皮肤保护策略,通过最大限度地减少水分流失和调节体温来保护机体免受外界刺激的损伤。皮肤发育相关基因(K2C6A)、热应激相关基因(HSPA4、TRAP1和HSPH1)和氧化应激相关基因(PRDX2和PRDX6)在塔里木马鹿干旱环境适应性中可能发挥潜在作用。